O anime conta a história de Sakura Kinomoto, uma menina de 12 anos, estudante da fictícia cidade japonesa de Tomoeda, que por acidente abre um livro Misterioso, Chamado Livro de Clow, ao pegar numa carta e ler WINDY, surge uma enorme ventania que dispersa todas as cartas do livro. quando o guardião das cartas, Keroberos (uma criatura muito parecida com um animal de peluche bem pequeno) acorda e sabe do sucedido, Sakura é obrigada a tornar-se uma cardcaptor e a apanhar todas as cartas que deixou escapar.
As cartas provocam fenómenos estranhos ao redor de Sakura, que emprega os poderes das cartas já capturadas no seu bastão mágico para domina-las e junta-las à sua colecção. Ela conta com a ajuda da sua amiga Tomoyo, e mais tarde de outros personagens como Shaoran Lee, um caçador de cartas rival.
No decorrer dos episódios, além das histórias misteriosas que envolvem as cartas, também se fazem presentes cenas que mostram o crescente romance entre Sakura e Shaoran, intercalados com as cenas de acção.
Na segunda metade da história surgem novos personagens, como Eriol Hiiragizawa, e Sakura passa a transformar as cartas Clow nas suas próprias cartas: as Cartas Sakura.
No decorrer dos episódios, além das histórias misteriosas que envolvem as cartas, também se fazem presentes cenas que mostram o crescente romance entre Sakura e Shaoran, intercalados com as cenas de acção.
Na segunda metade da história surgem novos personagens, como Eriol Hiiragizawa, e Sakura passa a transformar as cartas Clow nas suas próprias cartas: as Cartas Sakura.
